私が、会社員1年目のとき、部署の先輩と配線を行ったことがあります。
配線というのは、床を開けて、使わなくなったケーブルを引き上げ、新しいケーブルを引くことです。
1回の作業で、床を開けて、200〜300mを4〜10本くらい行います。
2〜3週間に一度、その作業が必要になるのです。

新人だった私は、そういう作業が多かったように記憶しています。
もちろん、自分が使う分だけではなく、先輩方の分も行ったものです。

ある先輩と一緒にやったとき、作業が終わって

　先輩：おつかれー。
　私：はいー。ごくろーさまでしたー。
　先輩：おい、ごくろうは、目上の人に使わんほうがいいぞ。
　私：失礼しました。お疲れ様でした。

といったようなやり取りをしたのを覚えています。

そのときに色々聞いたり、調べたりして

　『ご苦労様です。』は、目下の人間に使う。
　『お疲れ様です。』は、同等、あるいは目上の人間に使う。

ということを学びました。
それ以来、私は『お疲れ様』を使うようになりました。

今でも、ネットで検索すると、この考え方の回答が多いように思います。
そうじゃないと書いてあるサイトもありますけどね。

転職して、何社か経験していますが、『お疲れ様』が圧倒的に多いです。
しかし、ここ近年入社の方々は、『ご苦労様』を使う人が目立つ気がします。
そもそも、敬語を使わない人も増えてきたし、慣れ慣れしい人も増えてきたので、それどころでは無いですけど。

—2011.08.22 追記—
もしかして、県民性だったりして？！ﾍ(ﾟ∀ﾟﾍ)