EclipseにGEAｊプラグインをインストールし、実行しました。
んまあ、ローカルで動かす分にはただのサーブレットです。

クラウド画面を意識してか、GAEの雛型プロジェクトでは、index.htmlというページから全てが始まるようになっています。
（もちろんweb.xmlを修正すれば変えられます。）

1つ目のアプリを実行　
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動いた

2つ目のアプリを実行
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あれ？1つ目のが動く。

内蔵のアプリケーションサーバーに、2番目作ったアプリが配備されないのです。
内蔵のサーバーなので、実態を見つけられず・・・

index.htmlが差し替えられてないのかな？？
アプリケーションの配備を、プラグイン側で自動的にやっているので、こちらとしてはどうしたらいいのかよく分からない状態なのです。
普通のTomcatプロジェクトだったら、配備先を見て内容を確認できるけど。

ビルドログを見ると、アプリケーションサーバーのポートが「[b]8888[/b]」になっている。
同じポートを見ている。
（今思えばキャッシュだったかもしれんが）

1.プロジェクトのトップを右クリック→「実行」→「実行の構成」にて、実行構成画面を開く。

2.サーバータブにて、「Automatically select an unused port」にチェックを入れる。

上記の手順を実施し、ローカル実行のたびにポート番号が変わるようにしました。
一応動きます。

キャッシュはあとで調べないとな。

【この辺が参考になると思いますが、僕は思い切って本を買ってしまいました】
http://www.atmarkit.co.jp/fjava/rensai4/gaej01/gaej01_1.html